Aydıntepe Yer Altı Şehri, yüzeyden 2-2,5 metre derinde, ilçe merkezinin tam altında yer almaktadır. Galeriler, tonozlu odalar ve odaların açıldığı geniş mekânlardan oluşan yer altı şehri, ana kayaya oyulmuştur ve inşasında harici malzeme kullanılmamıştır. Yer altında koridorlarla birbirine bağlanmış çok sayıda oda bulunmaktadır. Tonoz örtülü galeriler yer yer her iki yana genişlemektedir. Kareye yakın planlı odalar bu mekânlara açılmaktadır. Yapı içinde ayrıca gözetleme delikleri, havalandırma bacaları ve su arkları da tespit edilmiştir. Galeriler içerisinde, savunma amaçlı kilit taşları varlığı gözlenmektedir. Söz konusu kilit taşları, galeri yüksekliğindedir. Yapım ve kullanım dönemleri tam olarak tespit edilemeyen yer altı şehrinde bulunan seramik ve metal eserler de farklı dönemlere tarihlenmektedir. Araştırmacılar, yer altı şehrinin Geç Roma / Erken Bizans döneminde savunma ve saklanma amacıyla inşa edildiği görüşündedirler.