Yığma yapım sistemi ile inşa edilen yapında malzeme olarak moloz taş ve kesme taş kullanılmıştır. Yapının taşıyıcı hatlarında ve kapı pencere sövelerinde kesme taş kullanılmıştır. Güney cephede yer alan giriş kapısı yuvarlak kemerli çift kanatlı ahşap malzemelidir. Kapı çevresi kesme taş sövelidir. Güney cephe tamamen düzgün kesme taş ile yapılmıştır. Bu kesme taş örgü, restorasyon sırasında moloz taş örgü üzerine yapılmıştır. İç mekân, tonozlu büyük alan ve her iki yanında daha küçük tonozlu mekânlardan oluşmaktadır. Bu tonozlu sistem belli aralıklarla yerleştirilen payeler ve payeler arasında geçilen kemerler ile taşınmaktadır. Payeler ve kemerler kesme taş işçiliklidir. Orta mekân yan mekândan daha yüksek ve daha geniştir. Orta mekândan yan mekânlara geçiş payeler arasına yerleştirilmiş daha küçük ve hafif sivri kemerli girişler ile sağlanmaktadır. Her iki kolda altışar adet kemerli giriş bulunmaktadır. Orta mekânda merdivenler ve merdivenler arasına yerleştirilen rampalar ile iki kot arasında geçiş sağlanmaktadır. Küçük mekânlarda bu kot farkları sadece rampalar ile geçilemektedir. Zemin ahşap malzeme ile kaplanmıştır. Doğu cephede yer alan tek kanatlı ahşap kapı ile doğu köşede yer alan küçük tonozlu birime giriş verilmiştir. Kapı üzerinde ahşap bir saçak bulunmaktadır. İpek Yolu üzerinde yer alan yapı, Selçuklu kervansaray mimarisi özellikleri taşımaktadır. 13. yüzyıla tarihlenen yapısı olan han 1650 yılında geçirdiği onarımdan dolayı Osmanlı mimarisi izleri de taşımaktadır. Han 2011 yılında Samsun İl Özel İdaresi tarafından restore edilmiş ve ziyarete açılmıştır. 17., 18. Ve 19. yüzyıllarda hanı ziyaret eden seyyahların Çakallı Han, çevresi ve deneyimlerine ilişkin yazdıkları han bahçesine yerleştirilen özel levhalar üzerinde sergilenmektedir. Han, günümüzde restoran olarak hizmet vermektedir.